Parte de la fascinación que ejerce Machu Picchu se debe a la falta de información acerca de su origen y de por qué los Incas lo construyeron, ocuparon y luego abandonaron. Todo lo que sabemos con certeza es que, debido a su majestuosa construcción y ubicación, este lugar único en su género jugó un papel muy importante en algún momento durante la era incaica.

Se han creado numerosos mitos e historias populares alrededor de esta mítica ciudadela, así podríamos decir que:

• Una hipótesis sostenía que fue un centro Vestal, para el refugio de las Ñustas o vírgenes del Sol, por lo cual podemos considerar que fue una Ciudad Sagrada: esta teoría se da porque a la llegada de los españoles, los gobernantes Incas, con el fin de evitar más latrocinios, hicieron escapar a estas mujeres escogidas a un lugar secreto en los Andes, resultando ser este lugar la ciudad de Machupicchu. Esta teoría se explica también por el hallazgo de 107 restos humanos, de los cuales más del 60% eran restos de mujeres.
• La presencia de piedras talladas con precisión como el Intihuatana respalda la hipótesis de que toda la disposición urbanística de la ciudadela estuvo basada en la posición astronómica de sus construcciones, lo que sugiere que éste era un lugar donde se realizaban estudios astronómicos.

• Estudios recientes han demostrado que es errada la teoría de que la ciudadela fue el "último refugio de los incas rebeldes". En la época en que los españoles expandían sus territorios conquistados, lo que quedaba de la elite incaica buscó refugio en un área que estaba en las profundidades de la selva, un lugar conocido como "Espíritu Pampa". Es aquí donde los Incas vivieron sus últimos días junto con los monjes agustinos.
• Otra teoría indica que esta ciudad fue desconocida para los incas, esto se da debido al tipo de construcción y a la falta de datos históricos que indicarían que fue una construcción más antigua que la de los incas, es decir perteneciente a la época pre-inca.
• También se plantea que Machupicchu fue la última Capital del Imperio y que Vilcabamba fue la última ciudad a donde se retiraron los incas al mando de Manco Inca en el año de 1536 cuando fue vencido por los españoles luego de sitiar el Cuzco.
• Aparte de todos los mitos tejidos alrededor de la ciudadela, algo es cierto: hay aquí vibraciones excepcionalmente poderosas y positivas. En los últimos años, muchos grupos esotéricos y religiosos internacionales se congregan ante la presencia de estas poderosas fuerzas del Santuario, haciendo de Machu Picchu un centro mundial ideal para estas prácticas.