La orden mercedaria fue fundada en 1223 por el cura San Pedro de Nolasco (Francia). En Cusco la iglesia y convento de la Merced fue fundado en 1535 por el fray Sebastián de Castañeda, en un terreno donado por el Marques Don Francisco Pizarro, este terreno daba hacia la Plaza de Kusipata.

Al inicio se pretendió construir una iglesia y un convento majestuosos, pero estor fueron destruidos por el terremoto, la obra que vemos actualmente se realizo después de los terremotos. En la actualidad la iglesia cuenta con dos puertas de ingreso siendo la principal la que se ubica hacia la plazoleta Espinar, posee un solo campanario de un estilo muy barroco a lo que se le denomina Crespo Cusqueño. El papa Pío XII en 1946 le da el titulo de basílica menor.Como casi en todas las construcciones de las iglesias coloniales los arquitectos fueron españoles pero la mano de obra fue de lo quechuas.

Al interior tiene una amplia nave principal y dos laterales relativamente estrechas. Su altar mayor es de estilo neoclásico, contiene seis columnas corintias finamente doradas y una imagen de la Virgen de las Mercedes en bulto en la parte central.

Tiene doce altares con diversos lienzos entre los que resalta el Señor de Huanca y la Cruz del Padre Urraca cubierta por láminas de plata repujada. Resalta también la imagen del Señor de tambo de Montero, que según ala tradición era azotado todos los viernes en la noche por los judíos del Cusco. Posee además un coro alto. En la cripta ubicada debajo del altar mayor se encuentran enterrados los restos de Gonzalo Pizarro, Francisco Carbajal, Diego de Almagro el viejo y Almagro el joven.

Al interior del Convento resalta de sobremanera la construcción del primer claustro considerado el mas bello, tiene forma cuadrangular presenta columnas corintias labradas, toda esta obra fue hecha en andesita. También encontramos lienzos que representan la vida de San Pedro de Nolasco hechas por Ignacio Chacón en 1763, otra obra es el lienzo que pinto Basilio Santa Cruz Pumacallao representando a San Laureano decapitado. Por su parte Basilio Pacheco realizo un enorme lienzo donde se representan a los benefactores de la Orden, ubicado en las graderías que conducen al segundo nivel. En este primer claustro también se encuentra un recinto donde se guardan las joyas mas valiosas de la Orden, la que resalta es sin lugar a duda la famosa se guarda una de las joyas mas valiosas la celebre Custodia de la Merced cuyas características son las siguientes: 1.2m de alto, 22.2kg de peso,un sol ejecutado en oro por Luis Ayala de Olmos (siglo XVII), mas abajo resalta la imagen de Nuestra Señora de las Mercedes, mas abajo la figura de una sirena arrodillada cuyo cuerpo esta hecho de una perla que tiene similitud con el busto y vientre de una mujer.

El pedestal fue manufactura de Manuel Piedra quien uso unestilo neoclásico francés, en la parte central ostenta un cordero pascual y más abajo dos pelicanos que simbolizan al cristianismo. Esta custodia es dueña de varias docenas de rubíes, tres esmeraldas, un topacio, una amatista, seiscientas quince perlas, mil quinientos dieciocho diamantes y brillantes finos, y otras piedras preciosas.

En este mismo recinto encontramos otras obras, entre las que resalta la Coronación de la Virgen obra de Bernardo Bitti, Rubens pinto La Sagrada Familia, una pequeña Sagrada Familia por Diego Quispe Tito. Se exhiben también manuscritos en pergaminos, un cristo pequeño en marfil, coronas, candelabros hechos en metales preciosos.

Otra obra muy característica es la que se exhibe en la Sala capitular a un lado de la entrada, hecha por Ignacio Chacón donde se representa a la Virgen María amamantando al mismo tiempo al niño Jesús y a San Pedro de Nolasco. La celda de Fray Francisco Salamanca es otro de los atractivos que se encuentran en este primer claustro, resalta por los frescos que se haya en su celda en la cual paso los últimos 30 años de su vida, se caracterizo por ser un gran orador, poeta músico y pintor; falleció en 1737.